El Oratorio “San Juan Bosco” funciona, durante la semana, dos noches (martes y miércoles) de 7:30 p.m. a 8:30 p.m. para jóvenes desde los 12 años en adelante; y los domingos desde las 7:15 a.m. hasta la 1:00 p.m. para jóvenes desde los 10 años en adelante.
El Oratorio “Nocturno” dirigido por los Exalumnos Salesianos tienen actividades deportivas trimestrales como campeonatos relámpagos de fútbol, el deporte con más impulso. Al finalizar el tiempo de esparcimiento, los jóvenes se reúnen para hacer la oración final y recibir un pensamiento formativo: “las Buenas Noches”, tradición heredada de Don Bosco.
Los domingos, el Oratorio, entra en fuerte actividad. Desde muy temprano, los jóvenes se congregan para participar de la celebración eucarística, luego se distribuyen en los diversos lugares del colegio para recibir una catequesis formativa (30 minutos aproximadamente) y, al finalizar, se dispersan por el patio para los juegos de fútbol, organizados a manera de liga en la que existen 4 categorías según las edades (Infantil B, Intermedia, Juvenil y Especial) cada una con 6 equipos, sumando 26 equipos; en total asisten unos 300 jóvenes.
El Oratorio está bajo la responsabilidad de un Salesiano, pero todos los Hermanos hacen algún tipo de presencia entre los jóvenes. Además se cuenta con un buen grupo de colaboradores laicos, distribuidos entre catequistas (de los cuales la mayoría son Cooperadores Salesianos), encargados de categorías y representantes. Muchos de ellos son ex alumnos oratorianos o exalumnos del colegio que han querido prestar su servicio en este sector.
Algunos jóvenes del Oratorio, desde años atrás, se han beneficiado con las catequesis sacramentales en preparación para la Eucaristía y la Confirmación. Además, gracias a la ayuda de una casa hermana (Centro Juvenil Don Bosco de Managua) algunos jóvenes se benefician con algunos cursos de formación profesional sabatina que se imparten en la misma.
El funcionamiento del Oratorio depende directamente de las ayudas que den los bienhechores de la obra, pues no existe una entrada económica fija y, en cuanto a novedades físicas y de infraestructura, el Oratorio se ha visto beneficiado con las de los otros dos sectores de la obra: de la Capilla, para las eucaristías dominicales y del colegio, para las catequesis y actividades deportivas.